“Кілька моїх фахівців працюють не на локальних комп’ютерах а на віддалених робочих столах (один підключається до сервера компанії, інший працює за системним блоком з якого виходить в дві віртуальні машини). Як їм коректно встановити програму?”

Якщо Ви хочете моніторити роботу співробітника тільки на віртуальній машині або на віддаленому сервері, Вам необхідно встановити Яваре-клієнт на дану віртуальну машину або сервер.
Після цього, статистика користувача з віртуальної машини буде відображатися на сервері.
Якщо Ви хочете моніторити роботу і на віртуальній ПК і на сервері одночасно, необхідно встановити Яваре-клієнт і на віддалений сервер (віртуальну машину) і на локальний ПК.
При цьому в особистому кабінеті з’явиться 2 користувача — один з локального ПК, другий з віртуальної машини. Вам необхідно буде їх об’єднати.
Після об’єднання статистика з локального ПК і віддаленого сервера буде накладатися.