Якщо в момент установки клієнта на віддаленому комп’ютері працює користувач чи будуть йому показуватися вікна процесу установки або будь-які повідомлення?

Ні. У процесі віддаленої установки користувачеві не показуються ні вікна ні повідомлення.

Помітити процес установки можна за вторинними ознаками — підвищена дискова активність, завантаження процесора і т.д.