Так можливо. Просто встановіть Yaware.TimeTracker — клієнт на сервері, використовуючи обліковий запис з правами адміністратора. Сервіс буде збирати статистику окремо по кожному користувачеві, який працює у своєму терміналі.
На стороні сервісу просто відключіть (деактивуйте) користувачів, за якими немає потреби проводити моніторинг.