«Несколько моих специалистов работают не на локальных компьютерах а на удаленных рабочих столах (один подключается к серверу компании, другой работает за системным блоком из которого выходит две виртуальные машины). как им корректно установить программу?»

Если Вы хотите мониторить работу сотрудника только на виртуальной машине или на удалённом сервере, Вам необходимо установить Яваре-клиент на данную виртуальную машину или сервер.
После этого, статистика пользователя с виртуальной машины будет отображаться на сервере.
Если Вы хотите мониторить работу и на виртуальной ПК и на сервере одновременно, необходимо установить Яваре клиент и на удалённый сервер (виртуальная машина) и на локальный ПК.
При этом появится в личном кабинете появится 2 пользователя — один с локального ПК, второй с виртуальной машины. Вам необходимо будет их объединить.
После объединения статистика с локального ПК и удалённого сервера будет накладываться.